دوره اول:
بعد از عصر امام صادق (علیه السلام) بیشتر ائمه به بغداد قدم گذارده و چندی در آنجا توقف کرده اند که البته امام کاظم و امام جواد - علیهما السلام - در همان جا نیز به شهادت رسیده و دفن گردیده اند.
با افزوده شدن بر سابقه تاریخی بغداد تجمع شیعیان در این شهر بیشتر گردید تا اینکه در قرن سوم و چهارم و پنجم هجری مرکز عمده شیعیان شد و دانشمندان آن سامان ریاست مطلق شیعیان را بر عهده گرفتند که «نواب اربعه » از آن جمله اند.
حضرت امام کاظم (علیه السلام) بعد از شهادت پدر گرامی شان حضرت امام صادق (علیه السلام) راه وی را ادامه داد و به نشر معارف الهی پرداخت چنانکه علما و دانشمندان بزرگی از فقها محدثان، متکلمان و عرفا در مکتب موسوی (علیه السلام) درس دین آموختند و با قرآن و سنت آشنا گشتند استاد عزیز الله عطاردی رقم روایان حدیث ایشان را 638 نفر می داند.
امام کاظم (علیه السلام) در عصری می زیست که عقاید انحرافی ترویج می شد و برخی از متکلمان در تفسیر ایات قرآنی و صفات الهی به گمراهی افتاده بودند مساله تجسیم، جبر و تفویض، انکار عذاب قبر و معاد جسمانی از جمله مواردی بود که در میان مردم منتشر شده بود امام برای مقابله با اندیشه های انحرافی با گفت و گوهای علمی و مباحث عمیق و برهانی خویش راه مبارزه را در پیش گرفتند و این بدان معنی نبود که امام کاظم (علیه السلام) باب عقل را مسدود نمایند و انسان را از تفکر و تعقل باز دارند بلکه روش امام پیروی از روش قرآن کریم بود همان گونه که قرآن برای عقل و عقلا و علم و علما احترام قایل بود ایشان نیز با زبان قرآن و با سلوک قرآنی اصحاب خویش رابه تعقل و تفکر می خواند وصایای ایشان به هشام بن حکم سیره علمی و تفکر قرآنی آن حضرت را روشن می دارد ایشان می فرمایند: «خداوند تبارک و تعالی در قرآن اهل عقل و تفکر را بشارت داده و فرموده است آن بندگان مرا که سخنان را گوش کنند و از بهترین آنها پیروی نمانید بشارت ده اینها کسانی هستند که خداوند هدایتشان کرده و اینان خردمندان می باشند.»
امام کاظم (علیه السلام) علاوه بر سلوک علمی و ترغیب دانشجویان مکتبش به تعقل و تفکر آنان را با سلوک عملی نیز آشنا ی ساخت شناسایی مراحل سلوک عملی نیز با براهین قرآنی همراه است وی متواضع ترین مردم را خردمندترین آنها می شمارد و دنیا را به دریایی ژرف شبیه می کند که کشتی آن باید تقوی باشد و بارش ایمان، بادبانش توکل ناخدایش عقل، راهنمایش علم و سکانش صبر.»
امام کاظم (علیه السلام) به تربیت شیعیان و آموزش آنان اکتفا نمی کند و فقه و حدیث و کلام و تفسیر را به گونه ای خشک که تنها جنبه آموزشی داشته باشد نمی پذیرد لذا با سیره عملی خویش مسایل سیاسی را با سنت نبوی (صلی الله علیه و آله و سلم) در می آمیزد و پاسخهای دندان شکنی به ائمه کفر می دهد تا در هدایت جامعه اسلامی کوتاهی نکرده باشد هرچند جانش با این روش مورد تهدید قرار گیرد.
دوره دوم
دوره دوم حوزه علمیه بغداد از روزی شروع می شود که امام کاظم (علیه السلام) به دیار باقی شتافته است و برخی از راویان حدیث وی در آن شهر به تربیت شاگردان مشغولند و آن به گونه ای است که امام رضا (علیه السلام) از مدینه به خراسان رفته و حجاز و عراق از دیدار وی محروم گشته اند.
دوره سوم
این دوره از عصر امامت امام جواد (علیه السلام) شروع می گردد و آن زمانی است که حاکم مدینه مامون را از نفوذ کلام امام شیعیان آگاهند و از گسترش تفکر شیعی و نهضت علوی بیم داده است و او نیز بقای خلافت خویش را در تبعید امام محمد تقی (علیه السلام) و تحت نظر گرفتن وی دانسته است.
دوره چهارم
این دوره به عصر غیبت صغری اختصاص دارد و نواب چهارگانه امام مهدی (عجل الله تعالی فرجه الشریف) با استفاده از عنصر تقیه به رشد و تعالی شیعه در این شهر پرداختند و در کمیت و کیفیت جامعه شیعه نشین بغداد نقش مؤثری ایفا نمودند به صورتی که حوزه علمیه بغداد پس از غیبت صغری ادامه یافت و دانشمندان بسیاری را در خود پرورد.
حوزه بغداد در این دوره از ادوار پنچگانه خویش از جهت مرجعیت و رهبری امت اسلامی نظرگاه تمامی شیعیان بود و این حوزه تنها حوزه ای است که عصر امامت غیبت صغری و کبری را درک کرده و رهبری شیعه در آن به سر می برده است.
بدین ترتیب «عثمان بن سعید»، «محمد بن عثمان »، «حسین بن روح »و «علی بن محمد سیمری » علاوه بر جوابگویی به ارجاعات فقهی و اخذ وجوهات شرعی رهبری شیعه را نیز بر عهده داشتند تا اینکه توقیعی از سوی حضرت امام عصر (عجل الله تعالی فرجه الشریف) صادر شد که فرموده بود: «ای علی بن محمد سیمری خداوند بزرگ در مصیبت درگذشت تو به برادران دینی ات پاداش عظیم عنایت فرماید تا شش روز دیگر از دنیا خواهی رفت. بنابراین امور زندگی خود را تمام کن (دفتر کار خویش را ببند) و هیچ کس را وصی و جانشین خویش قرار مده زیرا دوران غیبت کبری آغاز شده و امر ظهور موکول به اجازه خداوند برزگ است که آن هم پس از غیبت طولانی قساوت دلهای مردم و دوری آنان از حقایق و فراگیر شدن ظلم و جور در دنیا خواهد بود.
بزودی افرادی به سوی شیعیان من آمده ادعای مشاهده (نیابت خاصه) مرا خواهند کرد آگاه باشید که هر کس قبل از خروج سفیانی و شنیدن صیحه آسمانی ادعای مشاهده کند دروغگو است و بر خدا و رسول او افترا می بندد و تمام قدرتها و نیروها از آن خداوند متعال است.»
و با روایت «و اما الحوادث الواقعة فارجعوا فیها الی رواة حدیثنا فانهم حجتی علیکم و انا حجة الله علیهم » شیعیان را پس از چهارمین  نایب خاص به نواب عامه ارجاع فرمود.
دوره پنجم
این دوره به غیبت کبری مربوط می شود که در آن فقها و دانشمندان شیعی بسیاری در بغداد به سر می بردند از جمله «ابوالفرج اصفهانی » «شیخ مفید»، «کلینی رازی »، «سید رضی »و «شریف مرتضی ».
البته نباید از یاد برد که بغداد مرکز خلافت عباسی و مرکز علمی فرهنگی اهل سنت نیز بود و مشاهیری از اهل سنت نیز در آن حوزه به سر می بردند ابوحنیفه نعمان بن ثابت ابو عبد الله احمد بن محمد بن حنبل و ابو جعفر محمد بن جریر طبری در این شمارند.
دانشمندان و علمای شیعه در این حوزه تنها از فقها و ادبا نبودند بلکه در میان آنان به شعرای اهل بیت (علیهم السلام) و عرفای نامی نیز بر می خوریم.
نقابت علویان
نقابت علویان از مواردی است که در حوزه علمیه بغداد به وجود آمد و موسس این حکومت و تشکیلات آن به «حسین نسابة ابن احمد» می رسد که از حجاز به بغداد روی نمود وی زمانی به بغداد هجرت کرد که «مستعین بالله » حکومت می کرد و سال 251 هجری بود او که از خاندان زید شهید فرزند امام زین العابدین (علیه السلام) بود به نزد خلیفه حاضر شد و گفت: «از شما درخواست می نمایم که حاکمی برای طالبیین بگماری که مردی از آنان باشد و وی را اطاعت نماید.»
مستعین که در عصر تزلزل خلافتش به سر می برد با رای «حسین نسابة » موافقت کرد ومنصب نقابت را در جمعی از طالبیان به وی بخشید.
پس از وی پسرش «یحیی » و سپس فرزند او «ابوالحسن الفارس، محمد بن یحیی » و بعد «ابو الحسن بن جعفر ملقب به قیراط » اوایل قرن چهارم به این منصب رسیدند و آن گاه: - ابوعبد الله محمد بن الداعی در سال 348 - و ابو احمد حسین بن موسی الحسینی الموسوی پدر شریف رضی از سال 354 تا 369 به این مقام رسید تا آنکه عضد الدولة بویهی وی را در قلعه ای در فارس حبس کرد. - ابی الحسن علی بن احمد العمری - الشریف الرضی بن حسین - الشریف المرتضی - الشریف عدنان بن الشریف الرضی - ابوالغنائم العمر بن محمد - ابوالحسن ناصر بن مهدی بن حمزة نیز به منصب نقابت در بغداد رسیدند و کارهای سادات رسیدگی به امور سیاسی اقتصادی و حقوی آنان را برعهده گرفتند.
جنبش علمی
حوزه علمیه بغداد به علت ضعف دستگاه حاکم عباسی و ظهور شخصیتهای بزرگی در فقه و حدیث و اصول و کلام در این دوره به اوج شکوفایی رسید و کتب اربعه شیعه در این حوزه به رشته تحریر درآمد.
1 - «الکافی »
نخستین کتاب از مجموعه مشهور مکتب تشیع است که «ابوجعفر محمد بن یعقوب کلینی » به تدوین آن همت گمارده است. جمع آوری این کتاب گرانقدر که به هشت جلد می رسد و حدود 16190 حدیث را در خود فراهم آورده است بیست سال به طول انجامید وی به سال 328/329 هجری وفات یافت ودر باب الکوفه بغداد به خاک سپرده شد.
2 - «من لا یحضره الفقیه »
دومین کتاب از کتب اربعه است که به همت فقیه و محدث عصر «ابو جعفر محمد بن علی بن بابویه قمی » تالیف گردیده است. تالیفات او از مرز سیصد جلد می گذرد و این کتاب مشهورترین آنهاست. شیخ صدوق در حوزه های علمی ری، نیشابور، خراسان و بخارا مقیم بود. به سال 355 به حوزه علمیه بغداد رو نهاد و به تدریس پرداخت وی یکی از اساتید شیخ مفید است که در این حوزه به افاضه و استفاضه پرداخته است.
احادیث «من لا یحضره الفقیه » به 5963 رقم می رسد شیخ صدوق در سال 381 هجری از دنیا رفت و در شهر ری به خاک سپرده شد.
4 و 3 «تهذیب الاحکام » و «الاستبصار فیما اختلف فیه من الاخبار»
سومین و چهارمین کتاب از مجموعه کتب اربعه شیعه است که به وسیله «شیخ طوسی »تدوین یافته است کتاب تهذیب مشتمل بر 13590 و کتاب استبصار مشتمل بر 5511 حدیث می باشد. وی که دوازده سال آخر عمر خویش را در جوار مرقد مبارک حضرت مولی الموحدین علی (علیه السلام) سپری کرد در 22 محرم سال 460 هجری به جوار رحمت حق پیوست و در خانه اش مدفون شد.
بدین ترتیب «کتب اربعه » جانشین «اصول اربعماة » شد و مورد استفاده فقها در استنباط مسایل شرعی جزء متون درسی طلاب و دانشجویان قرار گرفت چنانکه «سید بن طاووس » به فرزندش توصیه نمود کتابهای شیخ طوسی را فراموش نسازد.
تاکید بر فلسفه سیاسی
در این دوره از حوزه علمیه بغداد با وجود اندیشمندان و فقهایی بسان شیخ مفید و سید مرتضی و حکومتهایی چون ال بویه، این اندیشه در جامعه رشد می کرد که شیعه باید خلافت و رهبری جامعه اسلامی را بر عهده گیرد و پیشتر نیز این حق بزرگ از آن امامان شیعه بوده است.
شیخ مفید با تالیف کتب و مناظراتی علمی جایگاه امامت در فلسفه سیاسی اسلام را روشن ساخت و سید مرتضی این روش را پیگیری و درفقه سیاسی نیز اصول عملی فلسفه سیاسی اسلام را تبین کرد و حضور ولی فقیه در جامعه را به مثابه سرپرست مسلمانان امری ضروری برشمرد.
«شناخت امام و وجوب اطاعت از وی » وجوب پرداخت زکات به رسول خدا (صلی الله علیه و آله و سلم) ائمه (علیهم السلام) و در زمان غیبت به نواب خاص یا فقهای جامع الشرایط شیعه، «بحث شقاق و اختلاف زوجین و دستور بعث حکمین و تعیین آنان » و «اقامه حدود» از آن جمله مواردی است که شیخ مفید در فقه سیاسی از آنها نام برده جایگاه حکومت و حاکمیت فقیه رامشخص می نماید.
و شاید همین امور باعث گردیده که بنی عباس با برانگیختن برخی از مردم بغداد شیعه و مکتب تشیع را تضعیف کنند چه آنان در مقابل براهین قاطع متفکران شیعی پاسخ مناسبی نداشتند و تنها با منطق آشوبگری و نزاع در مقابل منطق قرآنی و استدلالی مکتب علوی، خودی نشان می دادند.
دانشمندان حوزه علمیه بغداد
حوزه علمیه بغداد یکی از حوزه های غنی شیعه در علوم مختلف بوده که علاوه بر علوم اسلامی در علوم شیمی فیزیک نجوم پزشکی و دارو سازی نیز دانشمندانی را به خود دیده و از آنها بهره جسته است.
«حسن بن محمد بن عاصم محدث قمی » از جمله ستاره شناسان حوزه علمیه بغداد تالیفاتی در علم نجوم دارد رازی در پزشکی به چنان مقام رفیعی نایل آمده بود که عضد الدوله دیلمی ریاست بیمارستان عضدی را به وی سپرده بود.
اینک به ذکر برخی دانشمندان مشهور شیعه در حوزه علمیه بغداد می پردازیم: 1 - ابن اعلم بغدادی (324 - 375 ق.) 2 - ابن مبشر (متوفی 618 ق.) 3 - بو علی بن مسکویه (325 - 421 ق.) 4 - بدیع اسطرلابی 5 - جعفر قطاع 6 - زکریا رازی (240/250 - 320 ق.) 7 - کندی (1850 - 260 ق.) 8 - شیخ مفید (336/338 - 413ق.) 9 - سید مرتضی (355 - 634 ق.) 10 - سید رضی (359 - 406ق)