به گزارش خبرگزاری ضیاءالصالحین، حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت روحانی مبارز و آزاده جناب حجة  الاسلام آقای حاج شیخ جعفر شجونی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسمه تعالی

با تأسف فراوان خبر درگذشت روحانی مبارز و آزاده جناب حجة الاسلام آقای حاج شیخ جعفر شجونی را دریافت کردم. آن مرحوم از مبارزان دیرین با رژیم طاغوت و از وفاداران به امام و انقلاب و نظام مقدس جمهوری اسلامی در سراسر عمر تبلیغی خود بود. منبرهای روشنگر و بیان صریح و شیرین او خاطره های ماندگاری در ذهن و دل آشنایان این روحانی شجاع بر جای گذاشته است.
از خداوند متعال غفران و رحمت برای آن مرحوم و صبر و اجر برای بازماندگانشان مسألت می کنم.

سیّد علی خامنه ای
۱۷/آبان/۱۳۹۵