امامان معصوم علیهم السلام به جهت مقام عصمت و امامت ، از ارتباط ویژه با خدای متعال و جهان غیب برخوردار بوده اند و مانند پیامبران الهی معجزات و کراماتی داشته اند که مؤیّد مقام امامت و ارتباط آنان با خدا می بود. نمونه هایی از علم و قدرت الهی آن بزرگواران در موارد مناسب - باذن الله - بروز و ظهور می کرد، و موجب پرورش و تربیت پیروان و اطمینان خاطر آنان می شد و نیز حجت و دلیل آشکاری بر حقانیت آن گرامیان محسوب می گردید.
از امام هادی علیه السلام نیز کرامات و معجزات بسیاری مشاهده شد که چند نمونه را ذکر می کنیم .
آغاز امامت
امام هادی علیه السلام پس از شهادت پدر گرامیش ، در سن هشت سالگی بر مسند امامت قرار گرفت و این خود از روشن ترین کرامات و معجزات است ؛ چرا که حیازت چنین مقام و مسئولیت خطیری که صرفا الهی است نه تنها از کودک که حتی از مردان عاقل و بالغ نیز ساخته نیست . با توجه به این که علما و محدثان شیعه پس از شهادت و درگذشت هر یک از ائمه در مسائل گوناگون به امام بعدی مراجعه می نمودند و حتی گاهی او را آزمایش  می کردند.
همچنین بزرگان از علویان و اقوام امام که در سن کمال بودند به خانه امام رفت و آمد و با آن حضرت معاشرت داشتند؛
غیرممکن است جز به خواست و تایید خدا و جز در ارتباط با عصمت و علم و قدرت الهی ، کودکی بتواند این مقام و مسند را در دست بگیرد و به همه سوالات پاسخ صحیح دهد و در مشکلات رهبری کامل نماید.
بدیهی است که حتی مردم عادی نیز کودک خردسال معمولی را از یک امام آگاه راهبر تمیز و تشخیص می دهند.
اجرای تقدیرات الهی
خیران اسباطی می گوید: از عراق به مدینه رفتم و خدمت امام هادی علیه السلام شرفیاب شدم . آن گرامی از من پرسید: واثق چگونه بود؟
عرض کردم : فدایت شوم در عافیت بود و من از دیگران اطلاع و آگاهی بیشتری دارم ، زیرا هم اکنون از راه می رسم .
فرمود: مردم می گویند: او مرده است .
چون این موضوع را فرمود، دریافتم منظور از مردم خود امام می باشد.
آن گاه به من فرمود: جعفر متوکّل چه کرد؟
عرض کردم : به بدترین وضعی در زندان بود.
فرمود: او خلیفه خواهد شد.
آنگاه فرمود: ابن زیّات چه کرد؟
عرض کردم : مردم با او بودند و امر، امر او بود.
فرمود: ریاست بر او شوم است .
سپس قدری سکوت کرد و فرمود: چاره ای جز اجرای تقدیرات و احکام الهی نیست . ای خیران ! بدان که واثق مرد، جعفر متوکّل بر جای او نشست و ابن زیّات کشته شد.
عرض کردم : فدایت شوم چه وقت ؟
فرمود: شش روز پس از بیرون آمدن تو.
هنوز بیش از چند روز نگذشته بود که قاصد متوکّل به مدینه رسید و جریان همان طور بود که امام هادی علیه السلام فرموده بود.(ارشاد مفید، ص 309؛ الفصول المهمة ابن صباغ مالکی ، ص 279، با اندکی تفاوت ؛ نورالابصار شبلنجی ، ص 182.)
هنوز تو در معرفت ما در این پایه ای ؟!
کلینی و ابن شهرآشوب اینگونه نقل کرده اند:
صالح بن سعید می گوید: در سامرّا خدمت حضرت امام هادی علیه السلام شرفیاب شدم .
آن جناب را در ((خان الصعالیک )) فرود آورده بودند. آن محل ، نزول فقرا و غریبان بی نام و نشان بود. با تاثر شدید عرض کردم : قربانت گردم ! این ستمکاران در همه امور سعی در اطفای نور شما کردند تا آن که شما را در چنین جایی وارد نمودند.
فرمود: ای پسر سعید! هنوز تو در معرفت ما در این پایه ای ؟!
آنگاه حضرتش با دست مبارکش اشاره فرمود، بستان هایی را با انواع ریاحین و باغ های معطر به اقسام میوه هایی دیدم که نهرها جاری و قصرهای مرتفع و غلامان و حوریان خوشرو که تاکنون دیده نشده است . از مشاهده این احوال حیران و عقلم پریشان شد.
حضرت فرمود: ای پسر سعید! این از آنِ ماست .
رفتار متفاوت
در کتاب ((مناقب )) آمده است :
سلیمه کاتب گوید: یکی از خطبای متوکّل ملقب به ((هریسه )) به متوکّل گفت : تو با هیچ کس آنگونه که در مورد علی بن محمد رفتار می نمایی ، رفتار نمی کنی . وقتی او وارد خانه تو می شود همه به او خدمت می نمایند و همواره برای ورود او پرده را کنار می زنند.
متوکّل به همه درباریان دستور داد که برای آن حضرت خدمتی نکرده و پرده را کنار نزنند.
کسی خبر داد که علی بن محمد علیهماالسلام وارد خانه می شود، پس کسی بر آن حضرت خدمت نکرده و پرده را در برابرش کنار نزد. وقتی امام هادی علیه السلام وارد شد، بادی وزید و پرده را کنار زد و حضرت وارد شد و موقع خروج هم ، چنین شد.
متوکّل گفت : پس از این برای او پرده ها را کنار بزنید، دیگر نمی خواهم باد برای او پرده را کنار بزند.